有機栽培コーヒーとは、農薬や化学肥料などの薬品を使わないで育てられたコーヒー豆を使用したコーヒーのことである。コーヒー豆に違いはなく、薬品を使用せず、自然のままで育てられるコーヒー豆のため、「オーガニックコーヒー」と呼ばれることもある。薬品を使用していないため体への害は少なく、安全性には優れているが、知名度が低く割高である。日本では1997年7月に「有機農産物加工品の日本農林規格」が公布され、有機栽培が法的に整備された。以降、日本農林規格(JAS)認証を受けた各国の有機栽培コーヒーが販売されている。このJAS認証の基準は、過去3年以上の期間、農薬、殺虫剤、化学肥料などの薬品を使用していない土地で育てられた豆としている。